Малые реки играют исключительно важную роль как в формировании стока, так и в сохранении ихтиофауны регионов. В них расположены нерестилища многих видов рыб, происходит нагул молоди. Они служат естественными резерватами речной ихтиофауны при зарегулировании стока крупных рек.

К малым рекам обычно относят реки короче 200 км. Таких рек у нас насчитывается около 99 % от общего числа, а их протяженность превышает 9 млн. км. Использование малых рек чаще всего носит неорганизованный, нерегламентированный характер. Они зачастую спрямляются, сопрягаются с системами либо орошения, либо осушения. По ним сплавляется лес. Они интенсивно загрязняются; распахиваются поймы этих рек и осушаются болота, питающие их. При этом малые реки теряют функцию естественных регуляторов водного режима, загрязняются и утрачивают способность к самоочищению или полностью исчезают. Так, только на Украине за последние десятилетия исчезло около 2 тыс. малых рек. В Латвии 75 % малых рек (около 500) не соответствуют своему типологическому фоновому состоянию.

В настоящее время разработаны инженерно-биологические методы рекультивации малых рек, которые уже достаточно настойчиво внедряются в ряде стран, особенно в США.