Механические фильтры предназначены для того, чтобы удалять из аквариумной воды грубые, чаще всего различимые простым глазом загрязнения. В первую очередь к ним относятся взвеси.

Один из самых распространенных материалов для механической фильтрации — перло-новая вата. Она полностью вытеснила из наших фильтровальных баков тяжелые массы — песок и гравий, которые принято было использовать раньше. Многие производители предлагают фильтры-патроны, сформованные из такой ваты; патроны подходят к бакам, выпускаемым той же фирмой, или, во всяком случае, их можно приспособить к таковым. При очистке аквариумной воды от особенно мелких частиц применяют диатомовые фильтры. В качестве фильтрующей массы для диатомовых фильтров используется диатомовая земля. Эта очень мелкая желтовато-кремовая земляная масса состоит из кремневых панцирей ископаемых диотомей (микроскопических водорослей). Фильтровальный бачок (стеклянный сосуд) снабжен мощным насосом: сопротивление фильтра, обусловленное слабой пропускной способностью диатомовой земли, здесь выше, чем в других фильтрах. Тот, кто хочет особенно тщательно обработать воду в своем аквариуме (добиваясь особенной прозрачности или сокращения количества паразитов и бактерий, или их полного уничтожения с целью разведения рыб), целенаправленно подключает этот фильтр на многие часы. При этом речь идет о чисто механической фильтрации, не оказывающей влияния ни на показатели воды, ни на химические добавки (медикаменты). Поскольку этот фильтр задерживает мельчайшие частицы, он быстро засоряется. Землю нужно промыть и потом использовать снова.