В результате искусственного воспроизводства происходит снижение генетического разнообразия из-за использования ограниченного числа особей для получения половых продуктов. У видов, обладающих сложной популяционной структурой, этому также способствует использование для воспроизводства представителей только какого-то одного локального стада или экологической формы. Происходит снижение уровня белкового полиморфизма, утрата аллелей и обеднение генофонда и, как результат, снижение уровня генетической изменчивости. Это отрицательно отражается на генетическом популяционном гомеостазе, т. е. на наборе генетически обусловленных реакций, обеспечивающих устойчивость развития организма в меняющихся условиях среды. Поэтому уменьшение генетической гетерогенности превращается для популяции и для вида в серьезный фактор риска.

При искусственном воспроизводстве исчезающих таксонов встречаются и просто генетические ошибки. Печальный пример такого рода - азовская белуга Huso huso maeoticus, численность которой находилась в катастрофическом положении и которую фактически потеряли из-за неоднократных перевозок в Азовский бассейн молоди другой внутривидовой формы - каспийской белуги Huso huso huso с рыбоводных заводов Каспия. А ведь азовская белуга была самой ценной, продуктивной и быстрорастущей среди всех форм этого вида.

С искусственным воспроизводством связано и пастбищное рыбоводство, интенсивное развитие которого способствует сокращению численности или исчезновению ряда местных видов. Это связано не только с насильственным их уничтожением (с помощью химических средств или путем отлова) при подготовке водоема к зарыблению, но и с созданием в естественных водоемах высокой плотности популяций разводимых рыб. Так, например, разводимый во многих странах Европы угорь подавляет численность, а в некоторых реках уничтожает хариуса, гольца, подкаменщика. В других реках попытка сохранить находящихся в опасности европейского хариуса и кумжу входит в противоречие с массовым заселением рек молодью форели, предпринимаемым в связи с развитием спортивного рыболовства.