Дноуглубительные работы наносят существенный урон рыбным запасам на реках и в устьях рек. Зачастую эти работы планируются на весенний период, когда происходит нерест многих рыб. Они сопровождаются сбросом десятков миллионов кубометров грунта на акваторию, что приводит к заилению нерестилищ, ухудшению воспроизводства рыб, к их гибели, в особенности молоди. Так, только на Нижней Волге проводятся дночерпательные работы в объеме до 10-12 млн. м³, на р. Урал - до 3 млн. м³ в год. По данным Астраханского технического института рыбной промышленности, в Волго-Каспийском канале, который является не только транспортной магистралью, но и основным путем нерестовой миграции рыб и ската молоди, ежегодно проводят ремонтные дноуглубительные работы объемом 3-5 млн. м³. При их проведении ущерб рыбному хозяйству составляет более 1 млн. руб. Этот ущерб может быть сокращен почти в два раза за счет определенных экологических мероприятий - введения специального графика работ дноуглубительных устройств.

Дампинг - вывоз и сброс грунта в море - ведет к разрушению обширных площадей донных биоценозов, превышению содержания взвешенных веществ в 10-100 раз, повышению на больших площадях мутности воды и к дополнительному загрязнению морских прибрежных экосистем, в том числе за счет перевода во взвесь веществ, накопленных в донных отложениях, например, в портах и в устьях рек. Так, на Днепровско-Дунайском междуречье в Черном море ежегодный объем дампинга составляет 5 млн. м³, в Балтийском море - 5-6 млн. м³. Шлейф мутной воды от участка сброса грунта может тянуться на десятки километров.

Траловый флот. Механическому разрушению донных биоценозов и сокращению численности донных и придонных видов рыб способствует траловый флот при донных тралениях. По этой причине все чаще поднимается вопрос о запрете или ограничении такого промысла, как это уже сделано на Черном море.

Мосты. Сужение русла небольших рек, заключение их в бетонные трубы при строительстве автомобильных и железных дорог часто приводят к созданию участков водотоков (бетонные трубы, лотки и т. д.) со скоростями течения, непреодолимыми для рыб. Особенно это проявляется в период паводка, когда происходят анадромные нерестовые миграции рыб. Этого влияния легко избежать, зная критические скорости плавания и обеспечивая необходимые для прохода рыб скорости течения.

Электромагнитные поля. К относительно новым факторам воздействия относятся электромагнитные поля, связанные с применением электротока. Методом телеметрии на мигрирующих осетровых установлено, что они задерживаются под воздушной высоковольтной линией, пересекающей Волгу. Очевидно, что и для других электрочувствительных рыб (чувствительность осетровых на градиент поля составляет 0,1-0,3 мВ/см) подобные поля, возникающие в районе переходов рек воздушными линиями электропередачи или нефте- и газотрубопроводами (на них подается слабое напряжение), могут оказывать негативное влияние, задерживая их миграцию и в конечном итоге приводя к сокращению численности популяций.