Microsporidia (микроспоридии) – внутриклеточные паразиты. Возбудители: Thelohania-подобные spp., Pleistophora-подобные spp., Ameson sp. и Vavraia parastacida. Они имеют некоторое родство с грибами, но имеют отличительный, характерный только для них, признак – аппарат экструзии, которым они прокалывают оболочку клетки хозяина и вбрасывают зародыш в цитоплазму. Их насчитывается около 1300 видов, и в зависимости от вида, они поражают разные органы у ракообразных: соединительную ткань, половые органы, нервную систему или мышцы.

Микроспоридиоз – второе после чумы раков по значимости и опасности заболевание. Характер этого заболевания скоропалительный, быстро вызывающий эпидемию среди всего поголовья аквариумных раков. Заражение обычно начинается с тельсона (анальной лопасти) или уропод (последней пары конечностей) и продвигается вперёд. Внешние признаки заражения микроспоридиями проявляются в приобретении заражённой зоной белой, оранжевой или красноватой окраски, иногда на спине и боках появляются сине-чёрные пятна, но окончательно поставить диагноз можно лишь после исследования под электронным микроскопом, так как микроспоридии очень мелкие. Микроспоридиоз встречается редко, но случившись, может вызвать массовую гибель беспозвоночных.

Методы борьбы с микроспоридиями:
- инфицированных креветок следует удалить из аквариума и уничтожить путём сжигания или кипячения;
- дезинфицировать оборудование аквариума препаратами, содержащими йод или хлор;
- повышать иммунитет креветок, в том числе и с помощью пробиотиков.